Принципы конструкции и характеристики инструментов капсульной эндоскопии указывают на то, что она лучше всего подходит для тонкой кишки. Заболевания тонкой кишки, которые подходят для капсульной эндоскопии, включают: необъяснимые желудочно-кишечные кровотечения, эндоскопия верхних и нижних отделов желудочно-кишечного тракта без положительных результатов, необъяснимые боли в животе и диарея, воспалительные заболевания кишечника (например, болезнь Крона), опухоли тонкой кишки, полипы, сосудистые мальформации, необъяснимая железодефицитная анемия, кишечное недоедание и болезнь мальабсорбции, а также аномальная визуализация тонкой кишки. Капсульная эндоскопия также может быть использована для понимания сегментарного энтерита, наблюдения за состоянием хирургических анастомозов, развитием синдромов полипов тонкой кишки и исходом некоторых заболеваний тонкой кишки. Кроме того, капсульная эндоскопия может проводиться и во время обычного физического осмотра. Ее клиническое значение заключается в способности выявлять субклинические заболевания и улучшать раннюю диагностику и лечение заболеваний тонкого кишечника.