Клинических аргументов в пользу того, какой противовирусный препарат эффективнее, не существует, пациенты должны выбирать разумные противовирусные препараты в соответствии со своей ситуацией и под руководством врача. Обычно для лечения ВИЧ-инфицированных пациентов используются ламивудин, зидовудин, эмтрицитабин, тенофовир и другие ингибиторы обратной транскриптазы по назначению врача, но можно также использовать для лечения эфавиренз, невирапин и другие ненуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы. При цитомегаловирусной инфекции пациенты могут выбрать лечение противовирусными препаратами, такими как ганцикловир, цидофовир, адефовир. Если пациент страдает вирусным гепатитом, то по назначению врача могут применяться такие противовирусные препараты, как ламивудин, энтекавир, ацикловир, валацикловир. Для лечения герпесвирусных инфекций также могут применяться такие противовирусные препараты, как ацикловир, ганцикловир и вазикловир. Для лечения вируса гриппа и респираторного вируса пациенты также могут использовать такие противовирусные препараты, как амантадин, рибавирин и осельтамивир. Во избежание задержек пациентам рекомендуется выбирать разумные противовирусные препараты для лечения в соответствии с собственными условиями и после оценки врача.