Обычно считается, что хроническая инфекция, вызванная желчными камнями, стимулирует эпителий желчного пузыря к пролиферации и раку в долгосрочной перспективе. Сообщается, что размер желчных камней положительно коррелирует с вероятностью развития рака желчного пузыря. Также сообщалось, что при хроническом холецистите с кальцификацией стенки желчного пузыря частота рака составляет 12,5-61%. Небольшое количество метилхолантрена было имплантировано в желчный пузырь шести кошек, и у пяти кошек развился рак желчного пузыря. Холестерин и соли желчных кислот в желчи могут превращаться в химические вещества с химической структурой, схожей с метилхолантреном, под действием анаэробных бактерий, таких как Clostridium perfringens, поэтому считается, что эти канцерогенные факторы, содержащиеся в желчи, связаны с развитием рака желчного пузыря. Другие люди считают, что возникновение рака желчного пузыря связано с пороком развития в месте соединения нижней части общего желчного протока и впадения главного панкреатического протока. Также считается, что возникновение рака желчного пузыря является результатом воздействия различных факторов, таких как диетические факторы, бактериальные и паразитарные инфекции, а также желчные камни. Рак желчных протоков также тесно связан с желчными камнями, и сообщалось, что 64-100% случаев рака желчных протоков сочетаются с желчными камнями, но некоторые считают, что рак желчных протоков не так тесно связан с желчными камнями, как рак желчного пузыря. Сообщается, что хронический язвенный колит и инфекция Schistosoma haematobium связаны с возникновением холангиокарциномы. Холангиокарцинома может возникнуть примерно у 18% пациентов с врожденными кистами общего желчного протока, и рак обычно возникает в задней стенке кисты или в желчных протоках, окружающих кисту. Связь между первичным склерозирующим холангитом и холангиокарциномой до сих пор остается спорной. Некоторые считают, что первичный склерозирующий холангит сам по себе является разновидностью холангиокарциномы с низкой степенью злокачественности и медленным прогрессированием.