Лучшее время для сохранения образцов мокроты должно быть до приема антибактериальных препаратов, используя вторую мокроту рано утром. При обычной бактериальной пневмонии образцы мокроты отбираются и отправляются на исследование один раз в день в течение 2-3 дней. Многократный отбор образцов и отправка их на исследование в течение 24 часов, как правило, не рекомендуется, если нет значительных изменений во внешнем виде и характере мокроты. У пациентов с подозрением на микобактериальную инфекцию мокроту следует собирать в течение трех дней подряд и отправлять ее на исследование рано утром. Необходимо соблюдать строгую асептику, используя специальные стерильные культуральные чашки, и сохранять образцы мокроты в достаточном количестве, чтобы избежать загрязнения нормальной флорой. Образцы мокроты также следует отправлять своевременно, чтобы предотвратить гибель или размножение первичных организмов в образцах мокроты, желательно в течение получаса и не более двух часов. Кроме того, отложенные или ожидающие обработки образцы должны храниться при температуре 4°C, а сохраненные образцы должны быть обработаны в течение 24 часов.