Ультразвуковая эндоскопия отличается от гастроскопии тем, что при гастроскопии можно обнаружить поражение только в слизистом слое, а при подслизистом поражении, если поверхность поражения очень гладкая, гастроскопия не позволяет выявить его, и нет возможности провести патологическую биопсию для определения характера поражения. Ультразвуковая эндоскопия необходима для дальнейшей оценки происхождения и уровня возвышения поражения и его эхогенности, а также для определения характера поражения: мезенхимальная опухоль, гладкомышечная опухоль или липома. Ультразвуковая эндоскопия помогает направить дальнейшее лечение, причем ультразвуковая эндоскопия проводится не только для диагностики, но и для лечения. При так называемой ультразвуковой эндоскопии с веерным сканированием под контролем ультразвукового датчика можно проводить такие интервенционные процедуры, как пункция, дренирование, разрез, установка стента.