Лучшее время для проведения амниоцентеза — 16-20 недель беременности. Амниотическая жидкость образуется в основном за счет мочи плода. До 16 недель беременности функция мочевого пузыря плода развита недостаточно хорошо, и количество амниотической жидкости относительно невелико. После 20 недель беременности плод развивается быстрее, его размеры относительно велики, а пространство для пункции относительно ограничено. Самый поздний амниоцентез не должен превышать 24 недели беременности, поскольку количество клеток в амниотической жидкости после 24 недели беременности относительно невелико, а после проведения амниоцентеза требуется больше времени для их культивирования, и если гестационная неделя пункции будет относительно большой, это помешает проведению следующего этапа пренатальной диагностики. Для культивирования клеток, извлеченных из амниотической жидкости, требуется около 2-3 недель, и в некоторых случаях культура клеток может не получиться, что потребует повторной пункции при необходимости. Если оптимальное время для проведения амниоцентеза упущено, то для пренатальной диагностики можно провести пункцию пуповинной крови на более поздних сроках беременности.