Энцефалопатии подразделяются на различные заболевания, и лечение варьируется в зависимости от заболевания. К распространенным энцефалопатиям относятся цереброваскулярные заболевания, опухоли мозга и дегенеративные заболевания мозга. Некоторые из них являются вторичными по отношению к другим заболеваниям, например, печеночная энцефалопатия и гипертоническая энцефалопатия. Лечение цереброваскулярных заболеваний является этиологическим, таким как борьба с кровотечением и инфарктом, уменьшение осложнений и последствий, а также предотвращение рецидивов. Опухоли головного мозга в основном лечатся хирургическим путем с целью удаления занимающей опухоли. Дегенеративные заболевания головного мозга, такие как болезнь Паркинсона, лечат симптоматически, чтобы замедлить прогрессирование заболевания, облегчить симптомы, такие как тремор конечностей, и улучшить качество жизни. При вторичных энцефалопатиях, таких как печеночная энцефалопатия и гипертоническая энцефалопатия, симптомы энцефалопатии могут быть постепенно сняты путем устранения провоцирующих факторов и лечения основной причины, например, улучшения функции печени для снижения уровня аммиака в крови и контроля артериального давления.