Несварение желудка всегда связано с неправильным питанием, дисфункцией желудочно-кишечного тракта и дисбалансом кишечной флоры. Некоторые люди любят употреблять в пищу острые, жирные, возбуждающие продукты, хотя они и вызывают сенсорную стимуляцию, но влияют на работу желудка и кишечника, и частое употребление такой пищи приводит к усилению нагрузки на пищеварительную систему, что провоцирует несварение желудка. При дисфункции желудочно-кишечного тракта перистальтическая способность кишечника относительно слаба, а секреция пищеварительных соков будет относительно недостаточной, что не сможет переварить и расщепить пищу, что приведет к несварению желудка. В кишечном тракте обитает большое количество бактерий, и в сбалансированном состоянии кишечный тракт может нормально усваивать питательные вещества, содержащиеся в пище, а перистальтическая функция также находится в норме. Нарушение баланса кишечной флоры приводит к снижению функции кишечника, уменьшению секреции кишечной жидкости, постепенному ослаблению способности всасывания и возникновению несварения желудка.