Основными побочными эффектами пункции костного мозга на организм человека являются следующие: во-первых, местная инфекция. В результате пункции бактерии из окружающей кожи могут быть занесены в мягкие ткани или в костную ткань, что может вызвать остеомиелит, воспаление или абсцесс в окружающей кожу подкожной клетчатке. Во-вторых, кровотечение после пункции костного мозга приводит к скоплению крови под окружающей кожей или образованию периферической гематомы. Гематома имеет большие размеры, медленно рассасывается и склонна к фиброзу или локальной кальцификации, что может повлиять на жизнедеятельность человека.