МРТ головного мозга позволяет увидеть гипофиз. МРТ головного мозга обладает высокой дискриминационной способностью для мягких тканей и может быть использована в клинических условиях для исследования цереброваскулярных заболеваний, внутричерепных опухолей, внутричерепных инфекций и т.д. МРТ способна увидеть гипофиз. МРТ в основном способна заставить определенную ткань и часть человеческого тела резонировать в пространстве сильного магнитного поля, так что неупорядоченные ядра водорода располагаются в соответствии с направлением внешнего магнитного поля. Затем с помощью методов цифровой реконструкции это преобразуется в информацию МРТ-изображения, которая может быть использована для диагностики заболеваний гипофиза. Противопоказаниями к проведению МРТ являются установка кардиостимуляторов, наличие в организме металлических инородных тел, критически больные пациенты с угрожающими жизни состояниями, а также пациенты с клаустрофобией. Клинический выбор в пользу проведения МРТ осуществляется в зависимости от состояния пациента и под руководством врача.