Клиническая фиброоптическая бронхоэндоскопия легких, в основном, с помощью других визуализирующих тестов, диагноз заболевания недостаточно ясен, или необходимо использовать эндоскопию для проведения дополнительных исследований с целью уточнения диагноза. Например, если в легких имеются окклюзионные поражения, КТ или даже ПЭТ-КТ не позволяют точно определить характер окклюзионных поражений легких, то может быть проведена фиброоптическая бронхоскопия легких для взятия биопсии окклюзионных поражений и проведения патологического исследования для уточнения их доброкачественности или злокачественности, что позволит обеспечить своевременное лечение. Кроме того, при тяжелых легочных инфекциях, таких как микобактерии туберкулеза, в некоторых очагах в легких имеются посылки и даже абсцессы, эффект от приема противотуберкулезных препаратов не может быть удовлетворительным, тогда с помощью фиброоптической эндоскопии бронхов противотуберкулезные препараты можно вводить непосредственно в абсцесс в легких, а затем продолжать орошение и введение препаратов, а также регулярный осмотр, что в большей степени позволяет уничтожить очаги, способствуя тем самым выздоровлению больного.