Наиболее серьезным осложнением хронического пиелонефрита является уремия. Некоторые случаи хронического пиелонефрита обусловлены несвоевременной трансформацией острого пиелонефрита, а большинство — наличием сложных факторов, связанных с мочевыводящими путями, таких как наличие камней в почках, стеноз пиелоуретерального соустья и мочеточниковый рефлюкс и другие подобные нарушения, которые приводят к хроническому повреждению почечной лоханки и в конечном итоге переходят в хронический пиелонефрит. После того как хронический пиелонефрит станет неизлечимым, заболевание почек будет постепенно развиваться и в конечном итоге перейдет в хроническую почечную недостаточность вплоть до уремии. При переходе в стадию уремии пациенты могут погибнуть из-за гиперкалиемии и тяжелой сердечной недостаточности. Таким образом, наиболее серьезным осложнением хронического пиелонефрита является уремия. После перехода в стадию уремии необходим длительный гемодиализ или трансплантация почки, что является относительно адекватным способом выведения токсинов.