Бактерии являются прокариотами. Помимо бактерий, к прокариотам относятся микоплазмы, хламидии, риккетсии, спирохеты и актиномицеты. Основное отличие от эукариот — это ядро, которое не заключено в ядерную мембрану, и материал ДНК внутри ядра, который не объединен с белками, образуя хроматин. Бактерии также отличаются от других патогенных микроорганизмов отсутствием в цитоплазме каких-либо органелл, кроме рибосом. Структура бактерий также включает цитоплазму, клеточную мембрану и клеточную стенку, которые являются общими для всех бактерий. Некоторые бактерии также имеют особые структуры, такие как почкующиеся споры, жгутики, волоски и стручки, а также вещества, которые ассоциируются с патогенностью бактерий.