Мюллеровы протоки дифференцируются в репродуктивные органы у женщин и постепенно дегенерируют у мужчин. Поэтому кисты, возникающие из его остатков, чаще всего встречаются у мужчин в возрасте 20-40 лет и предпочтительно в малом тазу. Поскольку они располагаются в основном вблизи мочевого пузыря и позади предстательной железы, то клинически могут вызывать дизурию, учащенное мочеиспускание, задержку мочи и образование в брюшной полости. Абдоминальное образование имеет относительно большие размеры и сдавливает прямую кишку, что приводит к кишечной непроходимости, например, затруднению мочеиспускания и дефекации. Они различаются по размеру, что видно невооруженным глазом. Крупные кисты могут содержать 5000 мл жидкости, в основном однокамерной, с осветленной травянисто-зеленой или шоколадоподобной жидкостью. Жидкость в кисте может содержать эритроциты, лейкоциты, холестерин и жир, но не сперматозоиды. В случае кисты Мюллерова протока ее следует дифференцировать с дуктогенными опухолями Мюллерова протока и эпителиальными кистами Мюллерова протока.