Основная причина болей в теле во второй половине ночи заключается в том, что во второй половине ночи температура понижается, в результате чего тело становится холодным, что влияет на нормальную циркуляцию крови в организме и вызывает увеличение и накопление продуктов обмена веществ, вырабатываемых организмом, что облегчает возникновение болей в теле. В течение дня мышцы, связки и другие мягкие ткани тела переутомляются и легко образуют травмы растяжения из-за напряженной физической нагрузки, но во время занятий нет явной боли, потому что во время занятий кровообращение лучше, а продукты обмена веществ успевают эффективно метаболизироваться, поэтому симптомы не очевидны. Во время отдыха, особенно во второй половине ночи, кровообращение снижается, что приводит к увеличению метаболитов нагрузки, которые могут вызвать боль. Если в течение ночи происходит вирусная инфекция, например, инфекция верхних дыхательных путей, вирус и метаболиты, вырабатываемые вирусом, стимулируют периферические нервы по всему телу, что приводит к появлению ломоты и болей, в основном по всему телу.