Болезнь Кавасаки у маленьких детей лучше поддается лечению на ранних стадиях, и чем раньше она диагностирована и вылечена, тем лучше прогноз. Ранние стадии болезни Кавасаки обычно лечат шоковой терапией иммуноглобулином и, у детей с сочетанным поражением сердца, пероральным аспирином. При необходимости могут также применяться глюкокортикоиды и иммуносупрессивные препараты в зависимости от состояния ребенка. Однако, если ребенок не диагностирован на ранних стадиях, лечение может быть затруднено и может иметь последствия, требующие длительного медикаментозного лечения.