В целом бронхоальвеолярный лаваж относительно безопасен. Как правило, необходимо улучшить предоперационную подготовку, информировать пациента и его семью о показаниях, противопоказаниях и осложнениях бронхоальвеолярного лаважа, стремиться к сотрудничеству со стороны пациента или его семьи, и некоторых осложнений бронхоальвеолярного лаважа можно избежать. К распространенным осложнениям бронхоальвеолярного кашля относятся бронхоспазм, бронхиальное кровотечение, аллергия на анестетики, лихорадка, пневмоторакс, частый кашель и т.д. Большинство из них являются преходящими осложнениями, и их симптомы можно контролировать и облегчать.