Средний скрининг, или скрининг в середине беременности, направлен на выявление синдрома Дауна, трисомии 18 и значений риска дефектов нервной трубки. Стратегия скрининга в середине беременности заключается в сочетании серологических маркеров, включая альфа-фетопротеин (АФП), хорионический гонадотропин человека (ХГЧ) или свободный бета-хорионический гонадотропин человека (β-ХГЧ), свободный эстрадиол (uE₃), тройной скрининг или добавление ингибина А для формирования четверного скрининга, который используется для расчета риска развития заболевания в сочетании с возрастом матери, неделей беременности и весом. Скрининг беременных обычно проводится на сроке 15-20 недель, при этом частота выявления синдрома Дауна составляет 60-75 процентов, а частота ложноположительных результатов — 5 процентов. Метод также может использоваться в качестве скрининга на трисомию 18 и дефекты нервной трубки. В случае обнаружения отклонений в ходе среднего скрининга для дальнейшего уточнения могут быть использованы другие методы пренатальной диагностики, такие как амниоцентез.