Существует множество причин формирования заячьей губы, которая в некоторой степени является наследственной. Вообще говоря, формирование заячьей губы в значительной степени определяется во время развития плода и в большей степени связано с генетическими факторами. Существует также связь с факторами окружающей среды, такими как вирусные инфекции или радиация во время беременности, которые могут вызвать пороки развития плода. Поэтому важно избегать любых внешних факторов окружающей среды в течение 6-8 недель беременности и своевременно проходить ультразвуковые исследования для их выявления. Также важно выявить любые комбинированные хромосомные аномалии.