Дисгенезия гонад условно делится на три причины: во-первых, хромосомные проблемы, у женщины — XX хромосома, у мужчины — XY хромосома, две хромосомы гонад, хромосомная аномалия, определяющая развитие гонад, например, у некоторых людей отсутствует одна хромосома, а у некоторых есть лишняя Y-хромосома. Во-вторых, для процесса развития гонад необходимы некоторые вещества, например, дефицит ферментов приведет к аномальному развитию гонад. В-третьих, ни одна из хромосом не является аномальной, но гонады аномальны во время материнского развития, например, крайне преждевременная менопауза, у девочки, находящейся в утробе матери, гонады только начали развиваться, или даже еще не начав развиваться, они уже находятся в менопаузе, то есть функция яичников нарушена, что проявляется как гипоплазия гонад.