Прогноз для большинства случаев тиреоидита Хашимото хороший, но существует тенденция к естественному развитию гипотиреоза с последующим процессом гипертиреоза и гипотиреоза, поэтому основное внимание уделяется симптоматическому лечению, при этом в разное время необходимы различные препараты. Часто используемые препараты включают: β-блокаторы: Пропранолол, в основном для лечения тахикардии и других осложнений, вызванных тиреотоксикозом при гипертиреозе. Противовоспалительные и обезболивающие препараты: в основном используются для снятия воспаления щитовидной железы и боли. В легких случаях необходимы только НПВС, такие как аспирин, ибупрофен и индометацин; в умеренных и тяжелых случаях — глюкокортикоиды, такие как преднизон. Левотироксин: основным компонентом является гормон щитовидной железы и используется для заместительной гормональной терапии. В большинстве случаев тиреоидита происходит процесс от гипертиреоза до гипотиреоза, и левотироксин обычно используется для гипотиреоидной фазы лечения. Для пациентов с сильным увеличением щитовидной железы, значительными симптомами давления и отсутствием облегчения от приема лекарств, операция также является вариантом, но вероятность перехода в пожизненный гипотиреоз после операции выше, и требуется пожизненный прием лекарств. Таким образом, тиреоидит Хашимото является одной из форм аутоиммунного тиреоидита, который является самоограничивающимся и обычно не требует специфического клинического лечения, только симптоматическое лечение, и в конечном итоге обычно трансформируется в гипотиреоз.