Не существует оптимального периода лечения болезни Кавасаки. Болезнь Кавасаки следует выявлять и лечить на ранних стадиях, чтобы избежать сердечно-сосудистых осложнений из-за несвоевременного лечения. Болезнь Кавасаки — самоограничивающееся заболевание с хорошим прогнозом для большинства детей, рецидивы наблюдаются примерно у 1-3 %. Вероятность развития ишемической болезни сердца увеличивается у детей, не получающих лечения. Если не лечить болезнь, у некоторых детей могут развиться сопутствующие заболевания сердца, и прогноз будет хуже. Первоначальными целями лечения являются борьба с воспалением, уменьшение повреждения коронарных артерий, предотвращение образования опухолей и тромбоэмболии коронарных артерий. После установления диагноза лечение должно быть начато как можно скорее. Наблюдение за детьми с болезнью Кавасаки на основании поражения коронарных артерий важно для улучшения прогноза. Пациенты с заболеванием коронарных артерий, сохраняющимся через месяц, требуют пожизненного наблюдения.