Хотя медикаментозное лечение является предпочтительным для пациентов с эпилепсией, хирургическое вмешательство может быть рассмотрено для пациентов с неподатливой или рефрактерной эпилепсией, которую трудно контролировать с помощью медикаментов, но хирургическое лечение требует строгих хирургических показаний. Обычно требуется тщательная предоперационная оценка, требующая мультидисциплинарной консультации и сотрудничества между нейрохирургией, неврологией или детской неврологией и специалистами по визуализации. Варианты хирургического вмешательства: 1) пациенты с трудноизлечимой эпилепсией; 2) пациенты с парциальными припадками; 3) патологические изменения мозга, которые можно удалить хирургическим путем; 4) дети в возрасте от 14 до 40 лет; 5) дети с IQ не ниже 60 баллов. Операция может остановить или уменьшить припадки примерно у 50% пациентов, но пациентам все равно необходимо принимать противоэпилептические препараты в течение 1-2 лет после операции, и дозировка может быть постепенно снижена только при отсутствии припадков и нормальной ЭЭГ, а в некоторых областях после операции могут возникнуть такие послеоперационные осложнения, как гемиплегия, гемианопия и афазия. Операцию не следует рассматривать в случаях, когда мозг незрелый в молодом возрасте, когда есть явные психиатрические симптомы, такие как паранойя, депрессия, шизофрения, и когда у пациента показатель IQ ниже 60.