Коллагеновые пептиды используются в качестве косметического средства и при длительном применении могут иметь побочные эффекты. Основной причиной этого является сырье, используемое в коллагеновых пептидах. Сырье, используемое в коллагеновых пептидах, обычно получают из шкур животных, таких как крупный рогатый скот, свиньи и рыба, которые выращиваются в неволе, что может представлять риск, если в процессе кормления используются добавки, если источник воды загрязнен, или если используются шкуры животных с такими заболеваниями, как птичий грипп или ящур. Некоторые коллагеновые пептиды также искусственно добавляют гормональные препараты при обработке, или имеют ароматизаторы, красители и т.д. Длительное использование принесет много побочных эффектов для организма, поэтому обычно при использовании коллагеновых пептидов необходимо выбирать постоянных производителей.