Последствия того, что дети страдают крипторхизмом, очень серьезны. Как правило, последствий несколько: во-первых, существует риск бесплодия. При крипторхизме происходит повреждение половых клеток, и ранняя операция по фиксации яичек в мошонке снижает риск снижения фертильности. Самая ранняя постнатальная гистологическая аномалия при крипторхизме наблюдается на первом месяце жизни, когда можно наблюдать дисплазию мезенхимальных клеток. Односторонний крипторхизм после полового созревания должен быть удален, поскольку в будущем он может привести к злокачественному перерождению или перекруту яичка, а подавляющее большинство яичек теряет фертильность. Во-вторых, крипторхизм может привести к злокачественным изменениям: среди мужчин, перенесших крипторхизм, частота возникновения герминогенных опухолей в 40 раз выше, чем у нормальных людей. Положение неопущенного яичка влияет на относительный риск развития опухоли в яичке, чем выше положение, тем выше риск злокачественных новообразований, в половине случаев злокачественные новообразования развиваются внутри яичка, наиболее частый тип опухоли яичка — сперматогониальная опухоль яичка. Частота возникновения карциномы in situ у пациентов с крипторхизмом составляет 1,7%. В-третьих, это может привести к образованию грыжи, в 90% случаев выпячивание оболочек яичка будет незамкнутым. Сфинктер обычно закрывается после опускания яичка и в течение первого месяца жизни. Незакрытый сфинктер связан с повышенным риском возникновения грыжи. В-четвертых, крипторхизм у детей может привести к перекруту яичка. Поэтому, если крипторхизм был диагностирован однажды, рекомендуется раннее хирургическое лечение.