Прием амоксициллина от головной боли обычно не помогает. Причин головной боли множество, и распространенными видами головной боли являются мигрень, головная боль напряжения, цервикогенная головная боль и кластерная головная боль; ни один из перечисленных видов головной боли не имеет отношения к инфекциям в организме. При головных болях напряжения часто требуется прием Мирены. При мигренозных головных болях необходим ибупрофен, а при цервикогенных головных болях — такие препараты, как прегабалин и габапентин. Существуют и другие виды головных болей, например, гипертонические головные боли, требующие приема антигипертензивных препаратов, и кластерные головные боли, требующие приема гормонов или кислорода. Существуют также головные боли, вызванные внутричерепными инфекциями, например, бактериальным менингитом, при которых прием амоксициллина обычно не помогает, а внутривенное введение цефалоспориновых антибиотиков — помогает.