К осложнениям эндоскопической хирургии носа относятся кровотечения, глазные осложнения, внутричерепные осложнения, спайки в операционной полости и атрезия отверстия пазухи. Поскольку пазухи прилегают к орбите, передней черепной ямке, передней и задней ситовидным артериям, внутренним сонным артериям, они подвержены травматизации при наличии анатомических изменений или при незнании хирургом анатомии. К глазным осложнениям относятся внутриглазная гематома, повреждение носослезного канала, повреждение внутриглазной мышцы, повреждение зрительного нерва и т.д. К внутричерепным осложнениям относятся ринорея спинномозговой жидкости, внутричерепная гематома, внутричерепная инфекция, повреждение паренхимы мозга. Спайки в полости носа и атрезия пазух обусловлены неадекватным периоперационным лечением и уходом, а тяжелые синуситы и полипы носа — сильным интраоперационным повреждением слизистой оболочки и неполным раскрытием пазух. Поэтому для эффективного предотвращения интраоперационных и послеоперационных осложнений необходимо тесное взаимодействие врачей и пациентов. Хирурги, проводящие эндоскопию носа, должны проходить стандартную подготовку, включающую в основном анатомическое обучение, обучение технике хирургических операций и обучение терапевтическим концепциям, а пациенты должны строго соблюдать требования предоперационного и послеоперационного наблюдения и постоянного лечения для обеспечения гладкой эпителизации слизистой в операционной полости.