В настоящее время в зависимости от трансплантата он может быть классифицирован как полученный из костного мозга, гемопоэтических стволовых клеток или полученный из пуповинной крови, поэтому трансплантация костного мозга и трансплантация гемопоэтических стволовых клеток — это два разных типа трансплантата. Трансплантация костного мозга часто производится непосредственно от донора, тогда как трансплантация гемопоэтических стволовых клеток часто осуществляется путем обработки донора, а затем сбора гемопоэтических стволовых клеток от донора с помощью клеточного сепаратора, поэтому различие между трансплантацией костного мозга и трансплантацией гемопоэтических стволовых клеток проводится только из-за разницы в трансплантатах. У каждого из них есть свои преимущества и недостатки в процессе лечения, поскольку процесс сбора костного мозга включает в себя мезенхимальные стволовые клетки в дополнение к гемопоэтическим стволовым клеткам, которые, скорее всего, будут жизнеспособны в организме пациента и могут иметь более быстрый период восстановления гемопоэза. Однако и те, и другие могут использоваться для лечения злокачественных заболеваний крови, являются основными трансплантатами для пересадки и в настоящее время широко используются, хотя гемопоэтические стволовые клетки применяются чаще. . В некоторых отделениях для полусовместимой трансплантации используется комбинация костного мозга + стволовых клеток периферической крови, возвращаемых пациенту.