Наиболее распространенный путь введения гепарина — подкожно, либо в брюшную стенку, либо с помощью внутривенного насоса, для пациентов с острым инфарктом миокарда или во время реанимационного тромболизиса. Гепарин склонен к осложнениям, особенно к тромбоцитопении и геморрагическим явлениям при длительном применении. Гепарин подходит для антикоагуляции у пациентов с тромбозом глубоких вен нижних конечностей, тромбоэмболией легочной артерии и ишемической болезнью сердца. Во время лечения гепарином следует контролировать пять параметров коагуляции и, если возможно, прекратить прием препарата и заменить его пероральными препаратами, в основном варфарином или ривароксабаном. Длительное применение препарата требует регулярного контроля анализов крови и изменений показателей функции печени и почек, поскольку препарат также может вызывать побочные эффекты со стороны печени и почек, например, повышение трансаминаз.