Успех операции по удалению крестцовой хордомы составляет около 90% и более, но важно отметить, что хотя во время операции можно добиться полного иссечения крестцовой хордомы, это видно только невооруженным глазом, а с клеточной точки зрения полного иссечения, скорее всего, не будет, и всегда будут какие-то остатки в большей или меньшей степени. При первой операции нет особой проблемы добиться полного иссечения, но в дальнейшем могут остаться некоторые остаточные клетки в костных суставах или других костях, что может вызвать рецидив на более поздней стадии. Несмотря на успешное хирургическое вмешательство, на более поздней стадии необходима радиотерапия или даже химиотерапия, чтобы снизить вероятность рецидива хордомы и увеличить процент излечения.