Метаболическая хирургия потери веса развивалась с целью повышения эффективности и безопасности процедуры, но, как и другие хирургические процедуры, безопасность метаболической хирургии потери веса может зависеть от ряда факторов. Факторы, влияющие на безопасность операции, можно условно разделить на две области — сам пациент и хирургическая операция. Те пациенты, которые старше, имеют более высокий индекс массы тела и тяжелые осложнения, часто подвергаются большему риску при проведении метаболической операции по снижению веса. Если осложнения настолько серьезны, что они непереносимы, может потребоваться сначала их лечение, и только после улучшения состояния здоровья; после операции послеоперационное ведение таких пациентов также требует больших усилий. Чем опытнее хирург, тем безопаснее будет операция и тем меньше вероятность возникновения осложнений. Поскольку ожирение часто связано с различными осложнениями, вовлекающими множество дисциплин и сложных условий, зрелая команда по снижению веса и метаболизму должна иметь мультидисциплинарную поддержку, такую как диетология, метаболическая медицина, респираторная медицина и анестезия, в дополнение к основному хирургу и медперсоналу, для разработки хирургического плана и проведения операции под совместным обсуждением этих специализированных врачей.