При операции по поводу крипторхизма у детей возможно повреждение сосудов семенного канатика и семявыносящих протоков, а также послеоперационная атрофия яичек, что может повлиять на фертильность. У некоторых детей с крипторхизмом после операции могут возникнуть осложнения, связанные с относительно коротким семенным канатиком во время операции и послеоперационной ретракцией яичка, которое может втянуться в паховую область. Если после операции обнаруживается, что яичко втянулось в паховую область, а в мошонке оно не прощупывается, требуется еще одно хирургическое вмешательство. В настоящее время для хирургии крипторхизма доступны малоинвазивные операции, и вероятность атрофии и ретракции яичка, помимо прочего, значительно снижается. После операции по поводу крипторхизма необходимо регулярно проводить УЗИ мошонки, чтобы отметить размеры и кровоснабжение яичка.