Точный патогенез антифосфолипидного синдрома до конца не изучен. Антифосфолипидные антитела являются определяющим фактором развития АФС, а основным антигеном-мишенью, с которым они связываются, является β2 гликопротеин 1 (β2GP1). Развитие АПС также связано с другими факторами, поскольку только у некоторых пациентов в популяции APL-позитивных имеются клинические проявления. Другие возможные механизмы включают увеличение синтеза тромбоксана тромбоцитами, ингибирование синтеза простациклина и стимуляцию выработки тканевого фактора эндотелиальными клетками. Антифосфолипидные антитела — это группа аутоантител против веществ волчаночного антикоагулянта, антикардиолипиновых антител или против других фосфолипидов или фосфолипидных комплексов. Причина выработки антифосфолипидных антител не известна. Иммунизация животных бактериями может вызывать выработку антифосфолипидных антител, что позволяет предположить, что инфекционные факторы могут играть определенную роль. Кроме того, может существовать генетическая связь: в некоторых исследованиях сообщалось о повышенной частоте HLA-DR7 и DR4 у пациентов с синдромом антифосфолипидных антител, а также о повышенной частоте HLA-DR53 у пациентов с положительным результатом на антикардиолипиновые антитела.