Механизм действия пантопразола при лечении указанных заболеваний заключается в снижении секреции желудочной кислоты путем ингибирования Н-К-АТФазы клеток стенки желудка, известной также как Н-насос или протонная помпа, с целью уменьшения стимуляции язвенных поверхностей избыточной желудочной кислотой. Основным побочным эффектом НПВС является раздражение желудочно-кишечного тракта, которое в тяжелых случаях может привести к образованию язв желудка и кровотечениям. Пожилые пациенты с подагрой, ревматоидным артритом и остеоартритом, длительно принимающие НПВС, также могут использовать пантопразол натрия для профилактики язвенной болезни.