Таблетки экстренной контрацепции являются гормональными по своей природе и могут вызывать изменения в эндокринных гормонах организма, что приводит к ранней или даже отсроченной менструации, и могут стимулировать отслоение небольшого количества эндометрия, что приводит к кровотечению отмены. Таблетки также могут вызывать расстройство кишечного тракта, например, диарею, а в некоторых случаях — боль в молочных железах, но это проходит по истечении месяца. В некоторых случаях оральный экстренный контрацептив может вызвать нарушение менструального цикла на срок до 3 месяцев, что рекомендуется для наблюдения. Если менструальный цикл нарушен более чем на 3 месяца, рекомендуется сдать анализ крови на эндокринные гормоны натощак на второй-пятый день менструации, чтобы узнать, нет ли отклонений в эндокринных гормонах, которые можно регулировать в зависимости от ситуации.