У нормальных людей в глотке и тонзиллярной ямке присутствуют определенные патогены. При снижении сопротивляемости организма патогены могут размножаться, в основном разрушая эпителий ямки, а бактерии могут вторгаться в ее вещество, и возникает воспаление. Тонзиллит может передаваться капельным путем и при тесном контакте, обычно спорадически, иногда вспышки заболевания возникают в группах. Основными возбудителями тонзиллита являются Streptococcus haemolyticus типа B, негемолитические стрептококки, стафилококки, Streptococcus pneumoniae, H. influenzae или аденовирус, риновирус и вирус простого герпеса, которые также могут вызывать это заболевание.