Существует два основных риска, связанных с пункцией печени: первый — кровотечение; второй — прокол легкого. Печень имеет богатое кровоснабжение, и врачи предпочитают избегать крупных кровеносных сосудов при ультразвуковом позиционировании. Однако у некоторых людей из-за анатомических аномалий распределение кровеносных сосудов отличается от нормального, и ультразвук не может полностью избежать мелких кровеносных сосудов, что может вызвать кровотечение в результате пункции. Некоторые люди не могут задержать дыхание, не могут задержать дыхание достаточно долго, или могут нервничать и сместить дыхание вниз, в результате чего пункционная игла может проникнуть в легкое и вызвать пневмоторакс. Однако общая вероятность того, что это произойдет, очень мала, и пункция печени остается относительно безопасным исследованием.