Лечение внелегочного ТБ также известно как формальное противотуберкулезное лечение. Для большинства случаев внелегочного ТБ схемой выбора является четверная комбинация рифампицина, изониазида, этамбутола и пиразинамида. При небольшой доле внелегочного ТБ, например, при туберкулезном менингите, схема лечения может быть иной: требуется препарат, легко преодолевающий гематоэнцефалический барьер, и большое количество изониазида, обычно около 0,9-1,2 г. В тяжелых случаях требуется противотуберкулезное лечение, например, линезолидом. Курс лечения длительный, обычно занимает от 1 до 1,5 лет, и необходимо следить за изменениями в спинномозговой жидкости в течение курса лечения, чтобы определить его эффективность.