Диагностика туберкулеза иногда бывает затруднена. В клинической практике существует множество тестов, которые могут помочь в диагностике туберкулеза, однако эти тесты имеют определенные ограничения, затрудняющие диагностику туберкулеза. Например, антацидное окрашивание мокроты или туберкулиновая культура мокроты могут в принципе подтвердить диагноз туберкулеза, если результаты этих тестов положительны, однако у многих пациентов с туберкулезом результаты этих тестов отрицательны. Комбинированный ДНК-тест также помогает в диагностике туберкулеза, но у многих пациентов с туберкулезом результаты комбинированного ДНК-теста также отрицательны. КТ грудной клетки или рентгенография грудной клетки также могут помочь в диагностике туберкулеза, но во многих случаях их недостаточно для подтверждения или исключения диагноза туберкулеза. Туберкулиновый тест с высвобождением гамма-интерферона и туберкулиновая проба помогают в диагностике туберкулеза, но их положительные результаты не подтверждают диагноз активного туберкулеза. Отрицательные результаты не исключают активного туберкулеза. Таким образом, диагностика туберкулеза иногда бывает очень сложной и может потребовать проведения фиброоптической бронхоскопической биопсии легкого или чрескожной пункционной биопсии легкого для патологоанатомического исследования с целью дальнейшего уточнения диагноза.