Противопоказаниями к КТ толстой кишки являются случаи, когда использование КТ толстой кишки наносит вред организму или не имеет смысла для диагностики. Беременность, острая боль в животе, рвота, диарея и недавнее кесарево сечение, когда рана еще не зажила, являются противопоказаниями к КТ толстой кишки. Кроме того, при воспалительных заболеваниях кишечника расширение толстой кишки газом может привести, в частности, к перфорации. Чтобы подготовить кишечник к проведению КТ толстой кишки, за 48 часов до обследования следует употреблять легкоусвояемую пищу с низким содержанием остаточных веществ, например, овощи, фрукты и т. д. За 24 часа до исследования следует избегать твердой пищи и употреблять жидкости в больших количествах, чтобы улучшить вялость. Рекомендуется употреблять спортивную или питьевую воду с добавлением электролитов, минеральную воду и т.д. Следует избегать молока или молочных продуктов, чтобы минимизировать образование газа в просвете кишечника.