Пересадка роговицы была одной из первых успешных трансплантаций органов, поскольку нормальная роговица не имеет кровеносных и лимфатических сосудов, и трансплантат нелегко распознается иммунной системой пациента, поэтому обычно не вызывает реакции отторжения. Как переливание крови может вызвать аллергическую реакцию у разных людей, так и аллогенная пересадка роговицы может вызвать иммунное отторжение, особенно если трансплантат большой, в фазе воспаления, при неоваскуляризации роговицы и при значительной разнице в антигенах роговичной ткани. Затем лимфоциты и антитела атакуют и отторгают трансплантат, что приводит к дегенерации, помутнению и рубцеванию трансплантата и, как следствие, к слепоте.