Прогноз для большинства случаев болезни Кавасаки у маленьких детей благоприятный. При эффективном вмешательстве на ранней стадии, обычно в течение десяти дней после начала заболевания, и своевременном медикаментозном лечении болезнь Кавасаки у маленьких детей может быть вылечена с низким процентом рецидивов и без последствий. Однако если ребенок не получает лечения на ранней стадии или эффективных лекарств, существует риск развития осложнений. Основными осложнениями являются сердечные осложнения, такие как коронарная аневризма, коронарный стеноз или сердечная недостаточность. В случае тяжелых осложнений требуется длительное медикаментозное лечение, регулярное наблюдение в больнице и, при необходимости, хирургическое вмешательство.