Операция межпозвонковой фораменоскопии имеет определенные недостатки: во-первых, показания к операции межпозвонковой фораменоскопии относительно узки, и не все грыжи дисков поясничного отдела, грыжи дисков грудного отдела или грыжи дисков шейного отдела могут быть вылечены с помощью межпозвонковой фораменоскопии. В некоторых случаях стеноза латеральной подкожной ямки или спинального стеноза нет возможности использовать межпозвоночную фораминоскопию для лечения грыжи диска. Во-вторых, интраоперационная операция с использованием межпозвонковой фораменоскопии имеет определенные недостатки: в процессе лечения с помощью межпозвонковой фораменоскопии протрузия диска не может иметь кальцификации, а также не может сочетаться с более серьезными остеофитами, вызывающими симптомы компрессии нерва, так как у межпозвонковой фораменоскопии нет возможности справиться с этими двумя ситуациями. Таким образом, в целом фораменоскопия, хотя и является очень хорошим методом лечения, имеет и соответствующие недостатки.