Генитальный герпес имеет характерную клиническую картину, включающую легко узнаваемые скопления мелких волдырей, пузырьков и язв, поэтому большинство врачей считают, что генитальный герпес очень легко диагностировать. Однако эти типичные симптомы генитального герпеса не часто встречаются в клинической практике. Каждый эпизод генитального герпеса может протекать совершенно бессимптомно или проявляться в виде покраснения, мелких трещин, шелушения кожи, ссадин, очень мягких пузырьков, твердых узелков, фолликулита или зуда. Генитальный герпес также не обязательно ограничивается гениталиями и может появиться в любом месте ниже пояса, включая ягодицы, нижнюю часть спины, бедра и перианальную область. Поскольку только у 20% больных генитальным герпесом имеются распознаваемые симптомы, 20% протекают бессимптомно и до 60% имеют нераспознаваемые симптомы, существует значительная степень клинической недодиагностики и неправильной диагностики заболевания.