При большинстве заболеваний головного мозга МРТ превосходит КТ. МРТ более четкая, особенно при поражениях в задней черепной ямке, из-за артефактов в основании черепа, стволе мозга и мозжечке. Во многих больницах сейчас есть МРТ с магнитной восприимчивостью, которая в принципе не уступает КТ при кровоизлиянии в мозг. Однако во многих больницах нет МРТ с магнитной восприимчивостью, поэтому существует недостаток в раннем выявлении кровоизлияния в мозг. Рекомендуется, если у пациента внезапное начало заболевания, сначала провести КТ головы, чтобы исключить кровоизлияние в мозг, а затем провести МРТ головы для подтверждения диагноза.