Как правило, после илеоцекальной резекции не бывает никаких последствий, но у некоторых пациентов могут образоваться спайки, возникнуть риск инфекции и такие последствия, как нарушение всасывания питательных веществ и диарея. Хирургическая резекция илеоцекальной области приводит к образованию рубцовых спаек и повышает риск развития спаечной кишечной непроходимости. Пациенты, испытывающие дискомфорт и боль в месте операции в брюшной полости, должны как можно скорее обратиться за медицинской помощью. После резекции илеоцекальной заслонки невозможно эффективно предотвратить быстрое поступление содержимого тонкой кишки в толстую кишку и рефлюкс содержимого прямой кишки в подвздошную кишку, что раздражает стенки кишечника и повышает риск инфекции. В послеоперационном периоде это также может привести к мальабсорбции питательных веществ. Конец подвздошной кишки является основным местом всасывания желчных солей, внутренних факторов и витамина B12, а после резекции илеоцекального клапана поток питательных веществ из подвздошной кишки в толстую кишку увеличивается, а всасывание питательных веществ уменьшается. Поскольку после операции функция илеоцекального клапана исчезает, разница между средой и флорой в подвздошной и тощей кишке сужается, что легко приводит к возникновению энтероколита, а значит, и к легким проявлениям диареи.