Инкубационный период СПИДа составляет от полугода до 15 лет, в среднем около 8-9 лет. В течение инкубационного периода явные клинические симптомы отсутствуют, но их можно обнаружить. Диагноз может быть поставлен с помощью анализа на антитела к ВИЧ или путем проведения подтверждающего теста на ВИЧ. Многие люди в инкубационном периоде совершенно не знают о своем ВИЧ-статусе, и в большинстве случаев он выявляется при прохождении диспансеризации, при переливании крови по поводу других заболеваний или при предоперационном обследовании. Согласно современным рекомендациям по лечению, в латентной фазе рекомендуется проводить стандартную антиретровирусную терапию. Регулярная антиретровирусная терапия защищает иммунные клетки от разрушения и снижает инфекционную активность.