Эрадикация H. pylori требует повторного эрадикационного лечения после неудачи первого. Вторая эрадикационная терапия требует перехода на другой антибиотик и повышения комплаентности пациента. Пациенты, не прошедшие курс лечения H. pylori, как правило, страдают двумя заболеваниями, главным образом, лекарственной устойчивостью и плохой приверженностью к лечению. Из-за широкого применения антибиотиков H. pylori устойчива ко многим препаратам, при этом самые высокие показатели устойчивости — к метронидазолу и кларитромицину, причем к метронидазолу устойчивость достигает 90%, относительно большой разброс устойчивости к фуразолидону по региону, и в целом низкая устойчивость к амоксициллину и тетрациклину, которые можно попробовать. Другая причина — плохое соблюдение пациентом режима лечения: случаи случайного прекращения приема, прерывистого дозирования, неспособность вовремя завершить курс лечения и произвольное снижение дозы.