Пробиотики в целом очень безопасны для человека и могут оказывать множество положительных эффектов, помогая улучшить микроэкологию кишечника и иммунитет, а также облегчить некоторые проблемы, такие как вздутие живота. Однако у пробиотиков есть и отрицательные эффекты: у некоторых людей после приема пробиотиков или после приема слишком большого количества пробиотиков в течение короткого периода времени может наблюдаться повышенное газообразование в кишечнике, а также может нарушиться перистальтика кишечника, поэтому у некоторых пациентов могут наблюдаться запоры или диарея, вздутие живота и другие отрицательные эффекты, но эти симптомы могут улучшиться сразу после прекращения приема пробиотиков. Пробиотики не следует принимать пациентам с тяжелыми иммунодефицитными заболеваниями, так как они могут стать патогенными и привести к инфекциям. Пробиотики также не следует принимать людям с аллергией на пробиотики, поэтому для большинства людей пробиотики очень безопасны и не имеют побочных эффектов.