Гемоперфузия — относительно простая процедура и занимает меньше времени, но у нее есть некоторые побочные эффекты. Основными из них являются эмболия, или вторичная инфекция, и значительная потеря тромбоцитов после гемоперфузии, но бывают и некоторые осложнения во время операции. Например, из-за свертывания крови пациент теряет большое количество кровяных телец, но эти осложнения относительно немногочисленны и незначительны, и с ними легко справиться. Скорость перфузионного потока составляет примерно 100-200 мл/мин, что не является особенно высоким показателем, но только при условии, что артериальное давление относительно стабильно, так как при слишком низком артериальном давлении невозможно обеспечить адекватный кровоток.